六安市人民检察院现有内设机构12个，其中业务机构有：第一检察部（普通刑事犯罪检察和未成年人检察业务）；第二检察部（重大刑事犯罪与职务经济犯罪检察）；第三检察部（刑事执行检察）；第四检察部（民事检察和行政检察）；第五检察部（公益诉讼检察）；第六检察部（控告申诉检察，加挂国家赔偿工作办公室牌子）；第七检察部（综合业务及政策、法律、检察业务理论研究工作，加挂检察技术部与法警支队牌子）；第八检察部（司法人员职务犯罪侦查及其他重大犯罪案件的侦查）；检务督察部（巡察工作领导小组办公室）。行政管理机构有：办公室；政治部；检务保障部。